Hoci je výr skalný našou najväčšou sovou, ani jeho veľkosť, sila a obratnosť mu nezaručí úspešné vyhniezdenie.
Hniezdo mu môžu zničiť krkavce, líšky, vylietané mláďatá môže ohroziť jastrab. Hniezdo môže zatopiť voda zo silných zrážok, alebo ho zničí zosun pôdy a skál. Tieto nebezpečenstvá ale do prírody patria a výr sa s nimi dokáže vyrovnať. Úlohou ornitológov je ochrániť našu najväčšiu sovu pred zlovôľou človeka.
„V minulosti bol výr ako vrcholový predátor intenzívne prenasledovaný, v mnohých krajinách jeho početnosť klesla na minimum. Vďaka zákonnej ochrane sa podarilo jeho stav stabilizovať a výr postupne obsadzoval svoje historické hniezdiská. Dnes je už opäť súčasťou našej prírody, hoci stále ostáva vzácnym druhom. V Malých Karpatoch v súčasnosti evidujeme 18 hniezdnych teritórií“ hovorí Michal Noga z mimovládnej organizácie Ochrana dravcov na Slovensku.
Napriek priaznivému stavu ostávajú ornitológovia v pohotovosti. Populáciu výrov sledujú, objasňujú príčiny neúspešnosti hniezd a tam, kde je to potrebné, robia i ochranárske opatrenia. „Výr si na prítomnosť a aktivity človeka dokáže zvyknúť. Takmer polovica párov výrov v Malých Karpatoch hniezdi v činných dobývacích priestoroch. Pokiaľ nie je priamo ohrozené hniezdo, výrovi ruch a ťažká technika pracujúca v kameňolome neprekáža. Horšia je situácia v turisticky atraktívnych oblastiach, kde je výr neúmyselne rušený turistami, skalolezcami. Bohužiaľ, stále sa objavujú i prípady cieleného vyrušovania alebo zámerného usmrcovania. Preto vybrané hniezda výrov monitorujeme pomocou fotopascí. Tie zaznamenávajú pohyb na prístupových cestách k hniezdam a hoci vykradnutiu alebo zničeniu priamo nezabránia, odhalia jeho príčinu alebo zaznamenajú páchateľa.“ dodáva M. Noga.
Monitoring a ochrana výra v Malých Karpatoch bol podporený i prostredníctvom programu „Cena Holcim pre rozvoj regiónu Záhorie“ a projektom „Ochrana dravcov, bocianov a sov v regióne Záhoria a v Dolného Rakúska“ v rámci Programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Rakúsko.